Perniönjoen luonnontaimenkanta on vielä jäljellä

Perniönjoki on Saaristomereen laskevista joista ainoa, jossa elää luonnonvarainen meritaimenkanta.
Vastaavia jokia on vain tusina ja kanta kaikissa äärimmäisen uhanalainen.
Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitoksen  syksyn koekalastuksissa luonnossa syntyneitä poikasia tavattiin Perämeren meritaimenjoista erittäin vähän. Etelärannikon joista saatiin kuitenkin havaintoja kookkaista emokaloista. Syksyn  tulvat helpottivat meritaimenten kutuvaellusta jokiin.
Suomenlahteen laskevissa joissa kehitys on ollut parasta  Ingarskilanjoessa, Mankinjoessa, Espoonjoessa ja Mustajoessa. Koskikunnostukset ja myös parin viime vuoden runsaat sateet ovat edesauttaneet meritaimenen lisääntymistä.
Selkämeren rannikolla meritaimenen luonnonkanta on jäljellä vain Isojoessa, jossa kesänvanhoja luonnonpoikasia oli enemmän kuin parina edellisvuotena.
Tällä hetkellä suurin uhka meritaimenen luonnonkannoille on pääosin vapaa-ajankalastajien harjoittama verkkokalastus meressä. Saaliiksi saaduista taimenista suurin osa joutuu pyydyksiin jo ensimmäisen merivuoden aikana. Vain hyvin harvat naaraat pääsevät palaamaan merestä kudulle kotijokeensa.
Luonnonkantojen häviämisriski on erittäin suuri, jos merikalastuksen vaikutusta ei vähennetä esimerkiksi verkkojen silmäkokoa kasvattamalla sekä ajallisilla ja alueellisilla pyyntirajoituksilla.